Saat di pesantren inilah, Gus Baha mengkhatamkan hafalan Shohih Muslim lengkap dengan matan, rowi dan sanadnya. Selain Shohih Muslim beliau juga mengkhatamkan hafalan kitab Fathul Mu’in dan kitab-kitab gramatika arab seperti ‘Imrithi dan Alfiah Ibnu Malik.
Disebutkan bahwa Gus Baha adalah santri pertama Mbah Moen yang memegang rekor hafalan paling banyak. Wajar ia sampai dijuluki santri kesayangan Mbah Moen, dan dipercaya mendampingi sang kiai dalam segala urusan.
Sejak 2006 hingga kini, Gus Baha adalah Ketua Tim Lajnah Mushaf UII dan Dewan Tafsir Nasional, bersama para ahli tafsir Alquran ternama, seperti Prof Quraish Shihab dan Prof Zaini Dahlan. Gus Baha pernah ditawari gelar Doctor Honoris Causa dari UII, namun ia menolaknya, karena merasa sebagai pendatang baru dan berlatar belakang pendidikan non formal.
Posisi beliau selalu di dua keahlian, yakni sebagai Mufassir seperti anggota lajnah yang lain, juga sebagai Faqihul Qur’an yang mempunyai tugas khusus mengurai kandungan fiqh dalam ayat-ayat ahkam Alquran.